标准规范下载简介
LY／T 3191-2020 林木DNA条形码构建技术规程ICS65.020 B 60
LY/T 31912020
Technical regulations of DNA barcodes in woody species
JC／T 2237-2014 无震动防滑车道用聚合物水泥基材料国家林业和草原局 发布
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本标准按照GB/T1.1一2009给出的规则起草 本标准由国家林业和草原局提出。 本标准由全国林木种子标准化技术委员会（SAC/TC115）会归口。 本标准起草单位：中国林业科学研究院热带林业研究所，湖南省林业科学院，中国科学院华南植物 园，中国科学院植物研究所，江西农业大学林学院。 本标准主要起草人：裴男才、梁军生、陈步峰、葛学军、米湘成、刘娟
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林木DNA条形码构建技术规程
本标准规定了林木DNA条形码构建中样本采集策略、核心DNA条形码片段选取标准、DNA提取 技术和保存、序列测定和编辑方法、系统发育关系构建等技术要求。 本标准适用于林木DNA条形码的构建，
下列术语和定义适用于本标准。
下列术语和定义适用于本标准。
3.1DNA条形码DNAbarcodes 是从线粒体、叶绿体或核基因组区域中筛选的一段短的通用的DNA序列，以期对现存生物在物种 准信息 水平上进行快速而准确的识别和鉴定。 3.2引物Primer 是一小段单链DNA或RNA，作为DNA复制的起始点，在核酸合成反应时，作为每个多核苷酸链进 行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。 3.3聚合酶链式反应PolymeraseChainReaction(PCR) 一种体外酶促合成特异DNA片段的方法，由高温变性、低温退火及适温延伸等几步反应组成一个 周期，循环进行，使目的DNA得以迅速扩增，具有特异性强、灵敏度高、操作简便省时等特点。 3.4DNA序列DNAsequence
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4.5样品保存。直接将材料置于封口袋，在封口袋中倒入干净的硅胶；或将材料放入空茶包中，可 不与硅胶直接接触，确保材料不受污染。若材料含水量较高，注意及时换新的硅胶，保证材料品质；正 常情况下硅胶颜色深蓝，若吸水较多，硅胶颜色将变为浅紫红，此时需换新的硅胶。条件允许的情况下， 对一些叶片材料不容易提取DNA的样品可以采用冷藏保存。 4.6凭证标本。植株整体/局部、大生境/微生境的照片和信息，记录伴生种及经纬度等。凭证标本 要求带花或果实的枝条；无花或果实时，则用带叶的枝条。记录树木的标牌号以及与自封口袋上的样品 编号。每个样点和每个物种采集3份以上凭证标本；采集后当天压制，最后统一交付标本馆保存
5核心DNA条形码片段选取标准
5.1进化速率。进化速率较慢的片段可以锚定目标物种到科/属的较高分类等级，化速率较快的片段 则可将近缘类群进行识别和分辨。 5.2分辨能力。种间有明显的遗传变异，而种内变异足够小；片段所含的变异位点多则分辨力高； 进化速率较快的片段比进化速率较慢的片段有更高分辨力；组合片段比单个片段提供更多的变异位点。 5.3片段长度。足够短，减少测序工作，且便于DNA提取和PCR扩增，尤其是对存在DNA降解的材 料(如：保存已久的腊叶标本、处理过的民间药材)；降低测序费用；不同物种间序列长度变异尽可能小。 5.4片段通用性。存在保守区域，便于设计通用引物。也可以从已发表的基因组、转录组数据中筛 选合适的DNA片段作为特定物种的条形码。
6DNA提取技术和保存方法
7.1PCR扩增反应体系(如下表)。
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略。根据引物测序长度，PCR扩增反应策略可分
7.3序列测定策略 测序使用ABI系列自动测序仪(AppliedBiosystems,FosterCity，California,USA)。测序引物使用PCR 扩增引物。测序时需提供PCR产物和相应引物(引物需提供正反方向)。为了验证测序的准确性或材料受 到污染的准确性，每一条序列均在GenBank中进行比对。详见附录Ⅱ
对于一个反应（单向序列）可以完成的个体，使用Chromas2.13软件(Technelysium，Helen stralia)检验序列质量和长度，编辑后保存为FASTA格式文档。对需两个反应(双向序列)的个体，
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BioEdit或DNAStar的Seqman5.3软件(Lasergene，Madison，USA)，选定一个方向作标准，双向校准序列， 编辑后保存为FASTA格式文档。条件允许的情况下，建议全部双向测序，以保证准确性。所得序列可 提交至GenBank中，并获得相应的序列号以供使用与核查。对于已初步编辑好的DNA序列，可导入 ohylotools软件GBT1499.1-2017 钢筋混凝土用钢 第1部分：热轧光圆钢筋，获取群落水平上的系统发育关系，进而用于群落系统发育分析。详见附录IV
9系统发育关系构建方法
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一个比较成熟的参数估计的统计学方法，在系统发生树重建方法中属于一类完全基于统计学构树的 代表，该方法明确地使用核苷酸替换的概率模型，在每组序列比对中考虑了每个概率，寻找能够以较高 概率产生观察数据的系统发生树。当前，主要有PhyML和RAxML等一些最大似然树构建程序和软件。 9.6贝叶斯法BayesianInference 已知类条件概率密度参数表达式和先验概率，利用贝叶斯公式转换成后验概率，根据后验概率大小 进行决策分类。如MrBayes软件
录I(规范性).CTAB法提取植物DNA的技术步骤
GB／T 22490-2016 生产建设项目水土保持设施验收技术规程LY/T31912020